Στις 13 Αυγούστου 1968, ο Αλέκος Παναγούλης αποπειράται να δολοφονήσει τον δικτάτορα Παπαδόπουλο.

"Δεν επιδίωξα να σκοτώσω έναν άνθρωπο.

Δεν είμαι ικανός να σκοτώσω έναν άνθρωπο.

Επιδίωξα να σκοτώσω έναν τύραννο".

Ο Αλέξανδρος Παναγούλης συμμετείχε ενεργά στον αγώνα για την επαναφορά της δημοκρατίας και εναντίον του στρατιωτικού καθεστώτος του Γ. Παπαδόπουλου (1967-1973). Υπηρετούσε στο 85ο Σύνταγμα Πεζικού, στη Βέροια, όταν λιποτάκτησε από το στράτευμα και ίδρυσε την οργάνωση Εθνική Αντίσταση. Αυτοεξορίστηκε στην Κύπρο για να καταστρώσει σχέδιο δράσης. Εκεί ήρθε σε επαφή με τους πολιτικούς άνδρες του τόπου, όπως τον Πολύκαρπο Γιωρκάτζη, με σκοπό να τους ζητήσει να συνδράμουν στην αντίσταση. Επανήλθε στην Ελλάδα και μαζί με στενούς του συνεργάτες σχεδίασε την απόπειρα δολοφονίας του δικτάτορα Παπαδόπουλου στις 13 Αυγούστου 1968 κοντά στη Βάρκιζα.

Το πρωί της 13ης Αυγούστου, μία μικρή φάλαγγα κατευθυνόταν προς την Αθήνα από το Λαγονήσι Αττικής. Ήταν ο δικτάτορας Γεώργιος Παπαδόπουλος με τη συνοδεία του, που ξεκίνησε όπως συνήθως, από την έπαυλή του στο 38ο χιλιόμετρο της παραλιακής οδού Σουνίου. Προπορεύονταν δύο μοτοσυκλέτες, ακολουθούσε το αυτοκίνητο του δικτάτορα και σε απόσταση 10 μέτρων το αυτοκίνητο της ασφάλειας. Η φάλαγγα κινείτο κανονικά και μεταξύ 31ου και 32ου χιλιομέτρου, πέρασε πάνω από μία υπόγεια σήραγγα αποχέτευσης των νερών της βροχής, μήκους 7 μέτρων. Μόλις πέρασε και το αυτοκίνητο της ασφάλειας, μια ισχυρή εκκωφαντική έκρηξη έγινε μέσα στη σήραγγα και άνοιξε δύο μεγάλες τρύπες στο κατάστρωμα του δρόμου. Ήταν φανερό ότι η έκρηξη προοριζόταν να πλήξει τον δικτάτορα, αλλά καθυστέρησε ένα ή δύο δευτερόλεπτα. Αμέσως η φάλαγγα σταμάτησε, οι άνδρες της ασφάλειας έτρεξαν επί τόπου, ενώ ειδοποιήθηκε από τον ασύρματο η αρμόδια διοίκηση Χωροφυλακής και σε λίγα λεπτά κατέφτασε ισχυρή δύναμη που απομόνωσε την περιοχή. Έπειτα από συστηματική έρευνα, ανακαλύφτηκε ο Αλέξανδρος Παναγούλης, ντυμένος με μαγιό και κρυμμένος κάτω από ένα βράχο. Ο ίδιος παρέμεινε σιωπηλός, χωρίς να δηλώσει την ταυτότητά του. Είπε μόνο ότι δεν είχε συνεργούς. Μόνο έπειτα από δύο μέρες εξακριβώθηκε η ταυτότητά του. Ο Αλ. Παναγούλης οδηγήθηκε στο άντρο των βασανιστηρίων της ΕΣΑ, της στρατιωτικής αστυνομίας. Την ανάκρισή του ανέλαβε ένας από τους πλέον διαβόητους βασανιστές, ο ταγματάρχης Θεόδωρος Θεοφιλογιαννάκος, ενώ το ίδιο βράδυ κατέφτασε επειγόντως από τη Δράμα, όπου βρισκόταν, ο διοικητής της ΕΣΑ και αργότερα οργανωτής της προδοσίας της Κύπρου, αντισυνταγματάρχης Δημήτριος Ιωαννίδης. Ο Α. Παναγούλης, σε συνέντευξή του στην Καθημερινή μετά τη μεταπολίτευση, ανέφερε μεταξύ άλλων για τον Ιωαννίδη:

"Ύστερα από αυτή την πρώτη φορά, τον ξαναείδα στις 28 Αυγούστου, δηλαδή 15 μέρες αργότερα. Ήταν στο 401 στρατιωτικό νοσοκομείο, όπου με είχαν πάει πληγιασμένο, σε κωματώδη κατάσταση, επειδή αρνιόμουν να πάρω τροφή. Μετά συνήλθα από το κώμα, με είχαν αλυσοδεμένο στο κρεβάτι. Ο Ιωαννίδης ζύγωσε, μαζί με τον αρχηγό των βασανιστών μου, τον Θεοφιλογιαννάκο, κι αμέσως ο Θεοφιλογιαννάκος ρίχτηκε επάνω μου φωνάζοντας: "Μίλα. μίλα ή θα σε κάνω να μιλήσεις εγώ. Μην πιστέψεις ότι θα γλυτώσεις, επειδή είσαι στο νοσοκομείο". Μην έχοντας τη δύναμη να του απαντήσω, τον έφτυσα στο πρόσωπο. Ο Θεοφιλογιαννάκος απάντησε με μια φοβερή γροθιά. Το αίμα άρχισε να τρέχει από το στόμα κι από τη μύτη μου, μα ο Ιωαννίδης σήκωσε το χέρι, σάμπως αγανακτισμένος ή σα να ήθελε να τον σταματήσει και είπε: "Φαίνεται δεν έμαθες ακόμα πως ένας στους εκατό χιλιάδες δεν μιλάει κι αυτή είναι η περίπτωσή του". Έπειτα στράφηκε σε μένα, και πάντα ψύχραιμος και ήρεμος, πρόσθεσε: "Θα σε τουφεκίσω"...".

Ο Αλέκος Παναγούλης στην ανατριχιαστική του κατάθεση στη δίκη των βασανιστών της Χούντας ανέφερε:

«Από την πρώτη στιγμή και παρουσία των Λαδά, Τζεβελέκου, Καραμπάτσου άλλων ανωτέρων και ανωτάτων αξιωματικών άρχισε με τα χέρια δεμένα πίσω να μου κάνει εγκαύματα με το τσιγάρο του, να μου τραβάει τα μαλλιά και να μου χτυπάει το κεφάλι ωρυόμενος και στη συνέχεια προχωρήσαμε για να φτάσουμε στο ΕΑΤ-ΕΣΑ. Η ανάκριση άρχισε κλιμακούμενη από της περιοχής των γρονθοκοπημάτων, των εγκαυμάτων, της φάλαγγος και των ραβδισμάτων μέχρι και της περιοχής των σεξουαλικών βασανιστηρίων. Ο Θεοφιλογιαννάκος ο ίδιος προσωπικά με χτύπησε με ένα καλώδιο, κατ’ επανάληψη σε όλο μου το σώμα. Υπάρχουν ακόμη στην περιοχή των ώμων μου σημάδια γιατί το άκρο του καλωδίου ήταν δεμένο με σύρμα και δημιούργησε μεγαλύτερη πληγή. Και στη μια πλευρά και στην άλλη.

Ο ίδιος ο Θεοφιλογιαννάκος υπήρξε μάρτυρας όταν ο Μάλλιος και ο Μπάμπαλης μου είχαν περάσει σιδηρά βελόνη στην ουρήθρα και εθέρμαιναν το εκτός της ουρήθρας μέρος...»[8]

Οι αρχές κατόρθωσαν να συλλάβουν πολλούς από τους συναγωνιστές του Παναγούλη και γενικά η προανάκριση αποκάλυψε όλο το μηχανισμό και το δίκτυο της απόπειρας. Το προανακριτικό πόρισμα του Θεοφιλογιαννάκου εκδόθηκε στις 2 Οκτωβρίου 1968 και δημοσιεύθηκε στις εφημερίδες στις 20 Οκτωβρίου. Στο πόρισμα γινόταν λόγος για τις λεπτομέρειες της απόπειρας που οργάνωσε ο Παναγούλης μαζί με τον Ζαμπέλη και τον Λεκανίδη, αλλά και για το ρόλο του Πολύκαρπου Γεωρκάτζη, σκοτεινής φυσιογνωμίας, υπουργού Εσωτερικών και Άμυνας της Κύπρου, για τον οποίον το πόρισμα ανέγραφε μεταξύ άλλων: "Η ενεργός ανάμιξις τούτου εις τον αποκλειστικόν εφοδιασμόν της οργανώσεως, διά παντοειδούς στρατιωτικού υλικού, το οποίον αποστέλλει δι' επισήμου οδού εις την Ελλάδα και η εν γένει οικονομική ενίσχυσις ταύτης, τυγχάνει σκανδαλώδης και προκαλεί κατάπληξιν, διότι σπανίως, αν μη ουδέποτε, εμφανίζεται εις πρόσωπα κατέχοντα επισήμους θέσεις. Έχει το ψευδώνυμον "Ακρίτας", είναι ο στρατιωτικός αρχηγός της οργανώσεως "Ελληνική Αντίσταση"... Επίσης καλύπτει απολύτως και τον καταζητούμενον Α. Παναγούλην, κατά την πρώτην μετάβασιν τούτου εν Κύπρω, ότε παρέμεινεν εκεί επί εν περίπου εξάμηνον, τελικώς δε τον εφοδιάζει με γνήσιον κανονικόν διαβατήριον...".

Ο Π. Γεωρκάτζης υπέβαλε παραίτηση, αλλά τον κάλυψε με δηλώσεις του ο ίδιος ο Μακάριος, μη αποδεχόμενος την παραίτησή του. Η χούντα της Αθήνας όμως έστειλε τελεσίγραφο στον Κύπριο πρόεδρο, απειλώντας τον με διακοπή των διπλωματικών σχέσεων Ελλάδας-Κύπρου. Έτσι, στις 27 Οκτωβρίου ο Π. Γεωρκάτζης έφυγε στο Λονδίνο και την 1η Νοεμβρίου έστειλε από εκεί νέα επιστολή παραίτησης, την οποία ο Μακάριος αυτή τη φορά αποδέχτηκε. Στις 4 Νοεμβρίου άρχισε η δίκη του Αλ. Παναγούλη και των άλλων συλληφθέντων μελών της οργάνωσής του[9]. Ακόμη και στο εδώλιο του κατηγορουμένου ο Αλ. Παναγούλης βρισκόταν διαρκώς εν μέσω δύο ασφαλιτών. Η απόφαση του Έκτακτου Στρατοδικείου εκδόθηκε στις 17 Νοεμβρίου. Ο Αλ. Παναγούλης καταδικάστηκε δις εις θάνατον[10]. Ο Λευτέρης Βερυβάκης, πολύ αργότερα υπουργός κυβερνήσεων του ΠΑΣΟΚ, καταδικάστηκε σε ισόβια δεσμά. Για την ίδια υπόθεση καταδικάστηκαν οι: Ιωάννης Κλωνιζάκης (24 χρόνια),Νικόλαος Λεκανίδης (23 χρόνια), Γεώργιος Ελευθεριάδης (18 χρόνια),Νικόλαος Ζαμπέλης (18 χρόνια), Γεώργιος Αβράμης (16 χρόνια), Στάθης Γιώτας (10 χρόνια). Οι Αρ. Κλωνιζάκης, Ι. Βαλασέλης και Α. Πρίντεζης καταδικάστηκαν σε ποινές 1-4 ετών με αναστολή, ενώ οι Μ. Παπούλιας, Α. Σιγάλας και Δ. Τιμογιαννάκης αθωώθηκαν.

"Πρόκειται για μια αληθινή πολιτική δολοφονία που προορίζεται να συγκαλύψει την αδυναμίας ενός καθεστώτος, το οποίο τίθεται πλήρως υπό αμφισβήτηση από τις επαναστατικές αντιδράσεις του ελληνικού λαού" δήλωσε για την απόφαση του Έκτακτου Στρατοδικείου ο Γάλλος Ντενί Λανγκλουά, εκπρόσωπος της Διεθνούς Ομοσπονδίας των Δικαιωμάτων του Ανθρώπου, ο οποίος παρακολούθησε τη δίκη ως παρατηρητής.

Η εκτέλεση έπρεπε να πραγματοποιηθεί μέσα σε τρία 24ωρα το αργότερα, αν δεν απονεμηθεί χάρη. Ο Αλ. Παναγούλης αρνήθηκε όμως κατηγορηματικά να υποβάλει αίτηση χάριτος. Ξεσηκώθηκε παγκόσμια κατακραυγή και ασκήθηκαν σοβαρότατες διεθνείς πιέσεις να αποτραπεί η εκτέλεση. Η χούντα υπέκυψε και έτσι σιωπηρά η ποινή παρέμεινε ανεκτέλεστη. Ο Παναγούλης μεταφέρθηκε στις φυλακές της Αίγινας και κατόπιν στις φυλακές Μπογιατίου, χωρίς να θεωρείται πια μελλοθάνατος.

Όπως σημειώνει η Οριάνα Φαλάτσι στη συνέντευξή της με τον Αλέξανδρο Παναγούλη μετά την απελευθέρωσή του, η πράξη του ήταν μια πολιτική πράξη εναντίον της δικτατορίας. Η Φαλάτσι αναφέρει τον Α. Παναγούλη ως εξής: Δεν επιδίωξα να σκοτώσω έναν άνθρωπο. Δεν είμαι ικανός να σκοτώσω έναν άνθρωπο. Επιδίωξα να σκοτώσω έναν τύραννο

Ο Παναγούλης δραπέτευσε από τη φυλακή στις 5 Ιουνίου 1969, συνελήφθη όμως εκ νέου και οδηγήθηκε προσωρινά στο στρατόπεδο στου Γουδή για να μεταφερθεί μετά από ένα μήνα και πάλι στις φυλακές Μπογιατίου. Εκεί τον περίμενε η απομόνωση σε κελί που το έφτιαξαν ειδικά για τον Παναγούλη και ήταν σαν αντίγραφο τάφου. Επιχείρησε να δραπετεύσει αρκετές φορές ανεπιτυχώς. Ως διέξοδο έγραφε ποιήματα. Συνέχισε να γράφει ακόμα και όταν του κατέσχεσαν κάθε γραφική ύλη, χρησιμοποιώντας για μελάνι το αίμα του και για χαρτί τους τοίχους του κελιού-τάφου του.

Τον Αύγουστο του 1973 –μετά από τεσσεράμισι σχεδόν χρόνια φυλάκισης– απελευθερώθηκε βάση της γενικής αμνηστίας που απένειμε το καθεστώς των συνταγματαρχών στους πολιτικούς κρατούμενους,με αφορμή τις βουλευτικές εκλογές που ειχαν προγραμματιστεί για τις 10 Φεβρουαρίου 1974. Αυτοεξορίστηκε εκ νέου, αυτή τη φορά στην Φλωρεντία της Ιταλίας, για να επαναδραστηριοποιηθεί στην αντίσταση, ουσιαστικά όμως συνέχισε την αντίσταση στην Ελλάδα ερχόμενος κρυφά όπου και οργάνωνε ομάδες αντίστασης.

Στην μεταπολίτευση ο Αλέξανδρος Παναγούλης εκλέγεται βουλευτής της Β΄ Αθηνών με την Ένωση Κέντρου-Νέες Δυνάμεις (Ε.Κ.-Ν.Δ.) στις εκλογές της 17ης Νοεμβρίου 1974.

Συνέχισε με επιμονή τον αγώνα του για απομόνωση των συνεργατών της επταετίας.

Σκοτώνεται την πρωτομαγιά του 1976 σε ηλικία 36 ετών κατόπιν τροχαίου ατυχήματος στην λεωφόρο Βουλιαγμένης (το αυτοκίνητό του έπεσε σε υπόγειο κατάστημα επί της λεωφόρου κάθετα στην πορεία του), λίγες μέρες πριν από την αποκάλυψη των φακέλων σχετικά με τα όργανα ασφαλείας της Χούντας (Φάκελος ΕΣΑ). Η αποκάλυψη των φακέλων, που δεν έλαβε χώρα ποτέ, λέγεται ότι περιείχε αδιαμφισβήτητες αποδείξεις εις βάρος ορισμένων πολιτικών που συνεργάστηκαν με τη χούντα.